#uvoz filea iz excela
#
#
#
########### 
### PCA ###
###########

set_ <- set
attach(set_)

# ISPITIVANJE STRUKTURE

str(set_)
summary(set_)

#ispuštanje praznih polja N/A

set0 <- set_[complete.cases(set), ]
str(set0)
summary(set0)

# PRETVARANJE U MATRICU

set0_matrix <- as.matrix(set0)
head(set0_matrix)

# ISPITIVANJE KORELACIJSKE MATRICE

cor(set0_matrix)

# ISPITIVANJE POGODNOSTI ZA FAKTORSKU ANALIZU

library(REdaS)
library(psych)

r <- cor(set0)
KMO(r)
bartlett.test(set0)


# PLOTIRANJE KORELACIJSKE MATRICE U EXCELU /* (greška sa corrplot u R-U (u fileovima tipa .xlsx?!)
# PCA

set0.pca <- princomp(set0)
summary(set0.pca)
plot(set0.pca)

library(factoextra)
fviz_eig(set0.pca)

fviz_pca_var(set0.pca,
             col.var = "contrib", # Color by contributions to the PC
             gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
             repel = TRUE)    # Avoid text overlapping


# AKO IDEMO U FAKTORSKU ANALIZU SA EIGENVALUE VEĆI OD 1 ONDA IMAMO 1 KOMPONENTU
###################################
#  EFA - EKSPLORATORNA FAKTORSAKA ANALIZA
####################################

set0.fa <- factanal(set0, factors=2, rotation = "varimax")
set0.fa

pairs(set0.fa$loadings)

# P VALUE NA FAKTORSKOJ ANALIZI POKAZUJE DA SU TEK 3 ili 4 FAKTORA DOVOLJNA
# TESTOVI VEZANI UZ EKSPLORATORNU FAKTORSKU ANALIZU



#########
## CFA ##
##########
#CFA - KONFIRMATORNA FAKTORSKA ANALIZA
#
#UVOZ LIBRARYA

library(lavaan)
library(tidyverse)

#
#

attach(set0)

#
# PROMJENA IMENA STUPACA, RADI LAKŠEG KODIRANJA U CFA FAKTORE
#

names(set0)[1] <- "school"
names(set0)[2] <- "workplace"
names(set0)[3] <- "events"
names(set0)[4] <- "gatherings"
names(set0)[5] <- "transport"
names(set0)[6] <- "home"
names(set0)[7] <- "movement"
names(set0)[8] <- "travel"
names(set0)[9] <- "testing"
names(set0)[10] <- "information"
names(set0)[11] <- "contact"
names(set0)[12] <- "mask"

#SPECIFICIRANJE MODELA
#

CFA.model <- 'F1 =~ school+workplace+events+gatherings+transport+home+movement
              F2 =~ testing+information+contact
              F3 =~ travel'

#
#FITANJE MODELA
#

fit <- cfa(CFA.model, data = set0)
summary(fit, fit.measures = TRUE, standardized = TRUE)

#install.packages("semPlot")
## GRAFIČKI PRIKAZ

library(semPlot)
semPaths(fit, what="paths", whatLabels="par")

##################
### KRAJ  ########
##################